Το σωματείο της ΑΕΛ υπήρξε ιδρυτικό μέλος της Κυπριακής Ομοσπονδίας Καλαθοσφαίρισης το 1965. 

Το 1967, δημιουργήθηκε το καλαθοσφαιρικό τμήμα, με πρωτεργάτη και πρώτο προπονητή τον καθηγητή φυσικής αγωγής Μιχαλάκη Νικολαΐδη. Έδρα της πρώτης ομάδας ήταν το ανοικτό γήπεδο στην Όαση Λεμεσού.

Το 1974 η ΑΕΛ κατέκτησε το πρώτο πρωτάθλημα Κύπρου στην ιστορία της, ανοίγοντας μια μακρά περίοδο κυριαρχίας. Ακολούθησαν συνολικά 13 πρωταθλήματα, καθιστώντας την πολυνίκη της διοργάνωσης.

Το 1977 έγινε η πρώτη κυπριακή ομάδα που εκπροσώπησε τη χώρα σε ευρωπαϊκή διοργάνωση καλαθοσφαίρισης.

Ιστορικό παραμένει και το παιχνίδι του 1983, όταν η ΑΕΛ συνέτριψε τον Εθνικό με 177–39, σημειώνοντας παγκύπριο ρεκόρ πόντων και διαφοράς, το οποίο παραμένει ακατάρριπτο

Παρά τις δυσκολίες, όπως ο πρώτος υποβιβασμός το 1994, η ομάδα επανήλθε δυναμικά την αμέσως επόμενη χρονιά. Στα τέλη της δεκαετίας του 1990 και στις αρχές του 2000 ενισχύθηκε με ποιοτικούς ξένους καλαθοσφαιριστές, γεγονός που οδήγησε στη χρυσή εποχή του 2003–2009.

Το 2003, υπό την καθοδήγηση του προπονητή Ντράγκαν Ράτσα, η ΑΕΛ κατέκτησε αήττητη το FIBA Regional Challenge Cup και λίγες ημέρες αργότερα στέφθηκε πρωταθλήτρια Κύπρου μετά από 15 χρόνια.

Διοργάνωσε και φιλοξένησε για τέσσερις συνεχόμενες χρονιές (2005–2008) το FIBA Europe All-Star Day, προβάλλοντας διεθνώς το κυπριακό μπάσκετ και την Κύπρο ως προορισμό μεγάλων αθλητικών διοργανώσεων.

Τον Οκτώβριο του 2014, λόγω σοβαρών οικονομικών προβλημάτων, ανακοινώθηκε η αναστολή λειτουργίας του τμήματος.

Το 2015 η ομάδα επαναλειτούργησε, ξεκινώντας από τη Β΄ Κατηγορία και πετυχαίνοντας σταδιακά την αγωνιστική και οργανωτική της ανασυγκρότηση.

Την αγωνιστική περίοδο 2015–16, η ΑΕΛ συμμετείχε στο πρωτάθλημα της Β΄ Κατηγορίας, όπου κατέκτησε τόσο το Πρωτάθλημα όσο και το Κύπελλο Β΄ Κατηγορίας, σηματοδοτώντας την επιτυχημένη απαρχή της νέας εποχής. 

Η Καλαθοσφαιρική ΑΕΛ κατέκτησε τα πρωταθλήματα Β Κατηγορίας τις σεζόν 2016–17 και 2017–18, επιβεβαιώνοντας την αγωνιστική της ανασυγκρότηση και θέτοντας τις βάσεις για την επιστροφή της στην Α' κατηγορία.

Η Καλαθοσφαιρική ΑΕΛ εκπροσώπησε επάξια την Κύπρο στη Balkan International Basketball League, επιστρέφοντας δυναμικά στο διεθνές προσκήνιο της καλαθόσφαιρας. Η ομάδα ολοκλήρωσε την πορεία της ως φιναλίστ και τιμητική δευτεραθλήτρια της διοργάνωσης, ενώ παράλληλα διοργάνωσε και φιλοξένησε το Final 4 στην Κύπρο, συμβάλλοντας ουσιαστικά στη διεθνή προβολή της κυπριακής καλαθόσφαιρας και του σωματείου.

Μετά από μια συνεχιζόμενη και σταθερή αγωνιστική πορεία, η Καλαθοσφαιρική ΑΕΛ πραγματοποίησε ιδιαίτερα αξιόλογη παρουσία στο εγχώριο πρωτάθλημα, καταλαμβάνοντας την 3η θέση, γεγονός που επιβεβαίωσε την επιστροφή της στον πρωταγωνιστικό ρόλο της κυπριακής καλαθόσφαιρας.

Η Καλαθοσφαιρική ΑΕΛ κατέκτησε το 10ο Κύπελλο στην ιστορία της, επιστρέφοντας στους τίτλους μετά από 17 χρόνια, με νίκη απέναντι στον Κεραυνό στον μεγάλο τελικό. Υπό την καθοδήγηση της Κάλιας Παπαδοπούλου, η ΑΕΛ έγραψε ιστορία, καθώς η Κάλια αναγνωρίζεται ως η πρώτη γυναίκα προπονήτρια ανδρικής ομάδας καλαθόσφαιρας που κατακτά εθνικό τίτλο, επίτευγμα με ξεχωριστή σημασία για την παγκόσμια καλαθόσφαιρα.